Условно-патогенные энтеробактерии в кале у ребенка опасность и лечение

Условно-патогенные энтеробактерии в кале у ребенка опасность и лечение

Определение чувствительности представителей семейства Enterobacteriaceae

Представители семейства Enterobacteriaceae являются одними из ведущих этиологических агентов как внебольничных, так и нозокомиальных инфекций, для них характерно крайнее разнообразие возможных механизмов резистентности к АБП.

При тестировании микроорганизмов семейства Enterobacteriaceae рекомендуется использовать отдельные наборы АБП для определения чувствительности:

  • возбудителей внекишечных инфекций (кроме инфекций мочевыводящих путей);
  • возбудителей кишечных инфекций (Shigella spp., Salmonella spp., Escherichia spp.);
  • возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей (ИМП).

Необходимость такого разделения связана с особенностями фармакокинетики отдельных АБП в желудочно-кишечном тракте и мочевыводящих путях, а также различиями в их клинической эффективности.

Критерии интерпретации результатов определения чувствительности для штаммов Enterobacteriaceae (пограничные значения МПК АБП и соответствующие диаметры зон подавления роста) приведены в таблице 6.

Таблица 6.

Оценка антибиотикочувствительности Enterobacteriaceae — возбудителей внекишечных инфекций

Основу лечения внекишечных инфекций, вызываемых представителями семейства Enterobacteriaceae, составляют бета-лактамные антибиотики. Выбор препаратов для включения в исследование чувствительности, а также принципы интерпретации результатов основываются на данных о природной активности антибиотиков. Несмотря на наличие природной активности в отношении некоторых представителей Enterobacteriaceae такие препараты, как незащищенные амино-, карбокси- и уреидопенициллины, а также цефалоспорины I поколения практически полностью утратили значение при лечении инфекций, вызываемых этими бактериями, в этой связи оценка чувствительности к ним лишена практического смысла.

Препаратами альтернативными бета-лактамам являются аминогликозиды и фторхинолоны.

Оценивать чувствительность возбудителей внекишечных инфекций к тетрациклинам, хлорамфениколу и ко-тримоксазолу в настоящее время нецелесообразно. Препараты относятся к бактериостатикам и существенно уступают по эффективности антибиотикам других групп, кроме этого среди микроорганизмов к ним широко распространена резистентность. Перечень препаратов, предлагаемых для тестирования в отношении представителей семейства Enterobacteriaceae приведен в таблице 7 .

Таблица 7.

Характеристика препаратов первого ряда

В первую очередь чувствительность представителей семейства Enterobacteriaceae необходимо оценивать к следующим препаратам.

  • Ампициллин. Является типовым представителем подгруппы аминопенициллинов. Получаемые результаты можно полностью экстраполировать на амоксициллин. Оценивать чувствительность к амоксициллину нецелесообразно, поскольку критерии чувствительности к этому антибиотику для Enterobacteriaceae не обоснованы. Включение ампициллина в набор для тестирования Enterobacteriaceae объясняется не столько клиническим значением этого антибиотика, сколько важностью для оценки фенотипа исследуемого микроорганизма и внутреннего контроля качества.
  • Ингибиторзащищенный аминопенициллин. Амоксициллин/клавуланат и ампициллин/сульбактам во многом сходны по своим антибактериальным свойствам. В то же время необходимо иметь ввиду, что клавуланат является более эффективным ингибитором бета-лактамаз. Возможны отдельные случаи сохранения чувствительности к амоксициллину/клавуланату при устойчивости к ампициллину/сульбактаму.
  • Цефотаксим или цефтриаксон. Оба цефалоспорина практически идентичны по своим антибактериальным свойствам. Результаты оценки чувствительности к указанным антибиотикам необходимо оценивать учитывая возможную продукцию микроорганизмами БЛРС. При подтверждении продукции БЛРС все цефалоспорины необходимо рассматривать как клинически недостаточно эффективные независимо от конкретных результатов тестирования.
  • Цефтазидим. Антибиотик не рекомендуется для лечения инфекций, вызываемых Enterobacteriaceae. Однако поскольку цефтазидим высоко чувствителен к действию большинства БЛРС, то он может служить маркером продукции этих ферментов исследуемым микроорганизмом.
  • Гентамицин. Результаты, получаемые при оценке чувствительности к гентамицину, нельзя экстраполировать на другие аминогликозиды.
  • Фторхинолон. Применительно к Enterobacteriaceae существенных различий в уровне антибактериальной активности между ципрофлоксацином, офлоксацином, пефлоксацином, а также новыми «антипневмококковыми» фторхинолонами нет. Между перечисленными препаратами наблюдают практически полную перекрестную резистентность. Выбор конкретного фторхинолона для включения в исследования должен основываться на местных условиях.

Характеристика дополнительных препаратов

Включение в набор для исследования дополнительных антибиотиков определяется особенностью ЛПУ.

В случае тяжелых, крайне тяжелых и, особенно, госпитальных инфекций, в исследование целесообразно включать следующие антибиотики.

  • Карбапенемы. Поскольку устойчивость к этим антибиотикам среди Enterobacteriaceae встречается очень редко и, как правило, носит перекрестный характер между отдельными представителями группы, то в исследование достаточно включать лишь один препарат.
  • Цефепим. Антибиотик обладает значительно большей устойчивостью к хромосомным бета-лактамазам класса С в сравнении с цефалоспоринами III поколения, может также сохранять активность в отношении части продуцентов БЛРС.
  • Цефоперазон/сульбактам, тикарциллин/клавуланат. Препараты могут сохранять активность in vitro в отношении части продуцентов БЛРС. Однако клиническое значение этого феномена не определено. Данные, подтверждающие наличие или отсутствие клинической эффективности указанных АБП при инфекциях, вызываемых продуцентами БЛРС, отсутствуют.
  • Цефокситин. Антибиотик не имеет реального значения в лечении инфекций, вызванных Enterobacteriaceae, однако может быть использован для дифферецировки продуцентов БЛРС и АmрС. Продуценты БЛРС — чувствительны, продуценты АmрС — устойчивы.
  • Амикацин. К амикацину сохраняет чувствительность значительная часть штаммов, устойчивых к гентамицину. Оценивать чувствительность Enterobacteriaceae к другим аминогликозидам нецелесообразно.

Для оценки чувствительности возбудителей инфекций легкой и средней степеней тяжести в исследование следует включать:

  • цефалоспорины II поколения и оральные цефалоспорины II — III поколений.

При определении чувствительности микроорганизмов семейства Enterobacteriaceae особенно важным является выявление штаммов, вырабатывающих бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС). Необходимость дополнительной детекции данного механизма устойчивости связана с тем фактом, что часть продуцентов БЛРС при применении существующих критериев попадают в категорию чувствительных, однако клинические наблюдения свидетельствуют о недостаточной эффективности цефалоспоринов II — IV при инфекциях, вызываемых такими микроорганизмами. Для детекции БЛРС предлагается последовательное проведение скрининга (выявление подозрительных штаммов) и подтверждающих тестов в отношении подозрительных штаммов. Для эффективного скрининга в рутинное микробиологическое исследование необходимо включать несколько цефалоспориновых антибиотиков, минимальный набор должен включать 3 цефалоспорина III поколения — цефотаксим, цефтриаксон и цефтазидим.

Методы скрининга БЛРС и подтверждающие тесты приведены ниже.

  • В случае выявления или подозрения на продукцию БЛРС необходимо информировать лечащих врачей о высокой вероятности клинической неэффективности терапии пенициллинами и цефалоспоринами I — IV поколений, независимо от конкретных результатов определения чувствительности.

При выдаче результатов тестирования микроорганизмов группы Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Morganella, Providencia необходимо указывать, что при монотерапии генерализованных инфекций, вызванных данными возбудителями, цефалоспоринами III поколения, возможно развитие резистентности в процессе лечения.

При интерпретации результатов оценки устойчивости к аминогликозидам следует ориентироваться на следующие особенности. Широкий субстратный профиль аминогликозидмодифицирующих ферментов, возможность продукции микроорганизмами семейства Enterobacteriacae одновременно нескольких энзимов приводят к частой перекрестной резистентности между отдельными препаратами. На основании данных о чувствительности или устойчивости исследуемого микроорганизма к одному или нескольким аминогликозидам прогнозировать уровень резистентности к другим антибиотикам этой группы практически невозможно.

Интерпретация результатов оценки резистентности к хинолонам, как правило, не вызывает затруднения. Штаммы, устойчивые к нефторированным хинолонам, могут сохранять чувствительность к фторированным. Значительная часть штаммов, устойчивых к нефторированным хинолонам, сохраняет чувствительность к фторхинолонам. На практике можно считать, что между ципрофлоксацином, офлоксацином, пефлоксацином и ломефлоксацином имеется полная перекрестная резистентность. Современные антипневмококковые фторхинолоны (левофлоксацин, спарфлоксацин и моксифлоксацин) не имеют преимуществ перед перечисленными препаратами и характеризуются перекрестной резистентностью.

Читайте также:  Клиника у метро Звёздная Медицинский центр на Ленсовета в Санкт-Петербурге

Тестирование Enterobacteriaceae — возбудителей кишечных инфекций

Основную роль в этиологии кишечных инфекций играют представители родов Shigella, Salmonella, Escherichia и Yersinia, относящихся к семейству Enterobacteriaceae, а также семейств Spirillaceae (род Campylobacter) и Vibrionaceae. В рутинной практике при кишечных инфекциях определение чувствительности следует проводить только для штаммов семейства Enterobacteriaceae.

Перечень АБП, подлежащих исследованию, весьма ограничен и включает препараты с подтвержденной клинической эффективностью (таблица 8). При генерализованных инфекциях, вызванных микроорганизмами рода Salmonella (выделение возбудителя из стерильных локусов), в исследование необходимо включать цефалоспорины III поколения (цефотаксим или цефтриаксон).

Таблица 8.

Дополнительно возможно включение хлорамфеникола и тетрациклинов, однако их роль в лечении инфекций желудочно-кишечного тракта представляется на сегодняшний день крайне сомнительной. В то же время результаты определения чувствительности к этим АБП могут иметь определенное значение для эпидемиологического мониторинга.

Тестирование Enterobacteriaceae — возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей (ИМП)

С практической точки зрения ИМП крайне важно разделять на внебольничные и нозокомиальные. Для тестирования штаммов Enterobacteriaceae, выделенных при нозокомиальных ИМП, следует использовать тот же перечень АБП, что и для определения чувствительности возбудителей инфекций различной локализации.

Формирование отдельного набора антибактериальных препаратов для оценки чувствительности возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей целесообразно при наличии значительного потока таких исследований. Примерный перечень препаратов приведен в таблице 9.

Таблица 9.

Выявление БЛРС у штаммов Enterobacteriaceae фенотипическими методами

Обоснованные рекомендации по выявлению БЛРС фенотипическими методами распространяются только на штаммы Klebsiella spp. и E.coli. Однако продукция БЛРС может отмечаться практически у всех видов семейства Enterobacteriaceae и ряда других грамотрицательных микроорганизмов. Учитывая распространенность ферментов этой группы, представляется целесообразным проведение скрининга всех выделенных в лаборатории штаммов Enterobacteriaceae с последующим использованием специальных подтверждающих исследований у любых штаммов, которые по данным предварительного тестирования проявляют пониженную чувствительность хотя бы к одному из цефалоспоринов III поколения (МПК ≥ 2 мг/л либо эквивалентное уменьшение диаметра зоны подавления роста — таблица 10).

Таблица 10.

Скрининг не предполагает проведения специального исследования, его основу должен составлять анализ данных, получаемых в рутинной практике. В то же время для эффективного скрининга в рутинное микробиологическое исследование необходимо включать несколько цефалоспориновых антибиотиков, даже если использование некоторых из них в качестве терапевтических препаратов не планируется. Наиболее чувствительными к гидролизу БЛРС считаются цефподоксим и цефтазидим. Соответственно, эти препараты целесообразно включать в набор для определения чувствительности Enterobacteriaceae. При отсутствии возможности тестирования цефподоксима, минимальный набор цефалоспоринов III поколения, используемых для определения чувствительности грамотрицательных микроорганизмов, должен включать цефотаксим, цефтриаксон и цефтазидим.

  • Чем больше цефалоспоринов использовано для тестирования, тем более достоверными будут результаты выявления БЛРС. Некоторые штаммы могут проявлять высокий уровень устойчивости ко всем АБП, у других же обнаруживается лишь незначительное повышение МПК к 1 — 2 АБП цефалоспоринового ряда. Результаты тестирования Klebsiella spp. и E. coli к цефалоспоринам, указывающие на возможную продукцию БЛРС этими штаммами, приведены в таблице 10.
  • После выявления штамма, подозрительного на продукцию БЛРС, рекомендуется провести подтверждающий тест.

Тесты, подтверждающие продукцию БЛРС

Все фенотипические тесты для подтверждения продукции БЛРС являются вариантами стандартных методов определения чувствительности к АБП и основаны на ингибиции БЛРС клавуланатом. При постановке этих тестов проводится сравнение чувствительности исследуемых микроорганизмов к различным цефалоспоринам III поколения и к комбинации этих антибиотиков с клавулановой кислотой.

Диско-диффузионный метод предусматривает использование стандартных дисков с обычным содержанием цефотаксима и цефтазидима (30 мкг) или диска с цефподоксимом (10 мкг), а также диски, содержащие комбинации: цефотаксим + клавуланат, или цефтазидим + клавуланат (30/10 мкг), или цефподоксим + клавуланат (10/10 мкг). В исследование целесообразно включать одновременно и диски с цефотаксимом, и диски с цефтазидимом, и их комбинациями с клавуланатом.

Постановка теста

Методика приготовления микробной взвеси и инокуляции чашек с агаром стандартные. На поверхность агара накладывают диски с цефалоспоринами и их комбинациями с клавулановой кислотой. Чашки инкубируют в термостате при 35 °С в течение 18 — 20 часов.

Интерпретация результатов

Различие в диаметрах зон подавления роста для дисков с цефподоксимом/клавулановой кислотой и цефподоксимом на 6 мм и более или дисков с цефотаксимом/клавулановой кислотой и цефотаксимом, цефтазидимом/клавулановой кислотой и цефтазидимом на 5 мм и более свидетельствует о продукции штаммом БЛРС. Необходимо подчеркнуть, что результат считается положительным, если указанные различия получены хотя бы для одной пары дисков.

Контроль качества

Для контроля качества исследования необходимо использовать 2 штамма (отрицательный и положительный контроли):

  • Отрицательный контроль. При тестировании контрольного штамма E.coli АТСС 25922, не продуцирующего β-лактамаз, различия в диаметрах зон между дисками с ингибитором и без него не должны превышать 2,0 мм.
  • Положительный контроль. При тестировании контрольного штамма K.pneumoniae АТСС 700603, продуцирующего БЛРС, различия в диаметрах зон между дисками с цефподоксимом/клавулановой кислотой и цефподоксимом ≥ 6 мм, с цефотаксимом/клавулановой кислотой и цефотаксимом > 3 мм, с цефтазидимом/клавулановой кислотой и цефтазидимом ≥ 5 мм.

Метод серийных разведений в бульоне предполагает использование двойных серийных разведений препаратов в следующих диапазонах концентраций: цефтазидима от 0,25 мг/л до 128,0 мг/л; цефтазидима/клавуланата от 0,25/4,0 мг/л до 128,0/4,0 мг/л; цефотаксима от 0,25 мг/л до 64,0 мг/л; цефотаксима/клавуланата от 0,25/4,0 мг/л до 64,0/4,0 мг/л. В исследование целесообразно включать оба цефалоспорина и их комбинации с клавулановой кислотой.

Постановка теста

Методика выполнения исследования (приготовление разведений антибиотиков в бульоне, микробной взвеси, инокуляция и инкубация) — стандартная.

Интерпретация результатов

Снижение МПК цефтазидима или цефотаксима не менее чем в 8 раз (на 3 последовательных двукратных разведения) в присутствии ингибитора, в сравнении со значениями МПК соответствующих цефалоспоринов без ингибиторов, свидетельствует о продукции штаммом БЛРС.

Заболевания, вызываемые энтеробактериями

Хотя кишечная палочка (Escherichia coli) в норме заселяет желудочно-кишечный тракт, некоторые штаммы этой бактерии могут вызывать кровавый водянистый понос или диарею путешественников.

Читайте также:  Биопсия почки показания, противопоказания, последствия и техника проведения

У детей понос, вызываемый энтерогеморрагической кишечной палочкой, может сопровождаться развитием гемолитико-уремического синдрома, заболевания, при котором разрушаются эритроциты и возникает почечная недостаточность. Бывает, что кишечная палочка становится также причиной заболеваний мочевыводящих путей. Возбудитель может поражать кровь, желчный пузырь, легкие и кожу. Бактериемия и менингит (воспаление мозговых оболочек), вызванные кишечной палочкой, встречаются у новорожденных, особенно недоношенных детей. Антибиотики обычно начинают принимать немедленно и позже заменяют их, если результаты посева на чувствительность показывают, что другой антибиотик будет более эффективен. При легкой форме заболевания мочевыводящих путей можно принимать внутрь сульфаниламидные препараты. В тяжелых случаях требуется внутривенное введение антибиотиков.

Инфекции, вызванные клебсиеллами (Klebsiella), энтеробактериями (Enterobacteriaceae) и серрациями (Serratia), обычно приобретаются в больницах, главным образом пациентами, у которых снижена способность бороться против инфекций. Эти бактерии часто поражают те же самые органы, что и кишечная палочка. Пневмония, вызываемая клебсиеллами, – редкая, но тяжелая инфекция легких, которая наиболее распространена у больных сахарным диабетом и алкоголиков. У больного может появляться темно-коричневая или темно-красная мокрота. Пневмония может сопровождаться развитием абсцессов в легком и накоплением гноя в плевральной полости (эмпиема). Если лечение начато достаточно рано, клебсиеллезную пневмонию можно вылечить внутривенным введением антибиотиков, обычно из группы цефалоспоринов или хинолонов.

К группе протея (Proteus) относятся бактерии, в норме присутствующие в почве, воде и кале. Они могут вызывать заболевания внутренних органов, особенно брюшной полости, мочевыводящих путей и мочевого пузыря.

Enterobacter cloacaeEnterobacter cloacae

E. c. subsp. cloacae
E. c. subsp. растворяется

Bacillus cloacae Jordan 1890
Kkl Bacterium cloacae (Jordan 1890) Lehmann and Neumann 1896
Cloaca cloacae (Jordan 1890) Castellani и Chalmers 1919
Aerobacter cloacae (Jordan 1890) Bergey et al. 1923
Aerobacter клоаки (Иордания 1890) Hormaeche и Эдвардс 1958
Erwinia dissolvens (Rosen 1922) Burkholder 1948
Pseudomonas dissolvens Rosen 1922
Бактерия dissolvens Rosen 1922
Phytomonas dissolvens (Rosen 1922) Rosen 1926
Aplanobacter dissolvens (Rosen 1922) Rosen 1926
Aerobacter dissolvens (Rosen 1922) Waldee 1945 г.
Enterobacter растворяется (Rosen 1922) Brenner et al. 1988 г.

Содержание

  • 1 Микробиология
  • 2 Промышленное использование
  • 3 Безопасность
  • 4 Геномика
  • 5 Клиническое значение
  • 6 видов клоаки Е. комплекса
  • 7 См. Также
  • 8 ссылки
  • 9 Внешние ссылки

Микробиология

В микробиологических лабораториях E. cloacae часто выращивают при 30 ° C на питательном агаре или бульоне или при 35 ° C в триптическом соевом бульоне . Это палочковидная грамотрицательная бактерия, факультативно анаэробная и несущая перитрихозные жгутики . Это оксидаза- отрицательный и каталазный положительный.

Промышленное использование

Enterobacter cloacae используется в биореакторном методе биоразложения взрывчатых веществ и в биологической борьбе с болезнями растений.

Безопасность

E. cloacae считается организмом с уровнем биобезопасности 1 в США и уровнем 2 в Канаде.

Геномика

Проект последовательности генома Enterobacter cloacae subsp. Cloacae было объявлено в 2012 году. Бактерии, использованные в исследовании, были выделены из фекалий гигантских панд .

Клиническое значение

Enterobacter cloacae является членом нормальной кишечной флоры многих людей и обычно не является первичным патогеном. Некоторые штаммы были связаны с инфекциями мочевыводящих и дыхательных путей у лиц с ослабленным иммунитетом. Сообщалось о лечении цефепимом и гентамицином .

Исследование 2012 года, в котором Enterobacter cloacae, трансплантированные ранее стерильным мышам, привело к увеличению ожирения по сравнению с стерильными мышами, получавшими идентичную диету, что предполагает связь между ожирением и наличием кишечной флоры Enterobacter.

Виды на клоаки Е. комплекса

E. cloacae была впервые описана в 1890 г. Джорданом [201] как Bacillus cloacae , а затем претерпела многочисленные таксономические изменения, став «Bacterium cloacae» в 1896 г. (Леманн и Нойман), Cloaca cloacae в 1919 г. (Кастеллани и Чалмерс), он был идентифицирован как «Aerobacter cloacae» в 1923 г. (Bergey et al.), Aerobacter cloacae в 1958 г. (Hormaeche и Edwards) и E. cloacae в 1960 г. (Hormaeche and Edwards), под которыми он известен и сегодня [7]. E. cloacae повсеместно распространен в наземной и водной среде (вода, сточные воды, почва и продукты питания). Эти штаммы встречаются как комменсальная микрофлора в кишечном тракте людей и животных [1] и играют важную роль в качестве патогенов у растений и насекомых. Это разнообразие местообитаний отражается генетическим разнообразием номенвидов E. cloacae . [6] E. cloacae также является важным нозокомиальным патогеном, ответственным за бактериемию и инфекции нижних дыхательных путей, мочевыводящих путей и внутрибрюшных инфекций, а также эндокардит. септический артрит, остеомиелит и инфекции кожи и мягких тканей. Кожа и желудочно-кишечный тракт являются наиболее частыми участками, через которые может передаваться E. cloacae . [1,29]

E. cloacae имеет тенденцию заражать различные медицинские, внутривенные и другие больничные устройства. Нозокомиальные вспышки также были связаны с колонизацией определенного хирургического оборудования и растворов для оперативной очистки. Еще один потенциальный резервуар для внутрибольничной бактериемии — это раствор гепарина, используемый для постоянного орошения определенных внутрисосудистых устройств. Эта жидкость в нескольких случаях использовалась как резервуар для вспышек бактериемии, связанной с устройством. [30]

В последние годы E. cloacae стала одним из наиболее часто встречающихся внутрибольничных патогенов в неонатальных отделениях, при этом было зарегистрировано несколько вспышек инфекции. [31] В 1998 году van Nierop et al. сообщили о вспышке в отделении интенсивной терапии новорожденных с девятью смертельными исходами [32], а в 2003 г. Kuboyama et al. сообщили о трех вспышках с 42 системными инфекциями и летальностью 34%. [33] Этот микроорганизм может передаваться новорожденным через зараженные жидкости для внутривенного введения, растворы для полного парентерального питания и медицинское оборудование. Описано множество вспышек единичных клонов, вероятно, вызванных перекрестной передачей через медицинских работников, что позволяет предположить, что стационарные пациенты также могут действовать как резервуар. [31] Типовые штаммы этого вида — это E. cloacae ATCC 49162 и 13047. Этот последний штамм представляет собой первую полную последовательность генома видов E. cloacae, а типовой штамм — E. cloacae subsp. клоаки .

Полная версия E. cloacae subsp. Геном cloacae ATCC 13047 содержит одну кольцевую хромосому размером 5 314 588 п.н. и две кольцевые плазмиды pECL_A и pECL_B размером 200 370 и 85 650 п.н. (номера доступа в GenBank CP001918, CP001919 и CP001920, соответственно) [34].

Читайте также:  Ангина период заражения 1

Остальные геномы E. cloacae , которые были секвенированы, депонированы в GenBank под номерами доступа CP002272, CP002886, FP929040 и AGSY00000000.

E. asburiae названа в честь Мэри Элис Файф-Эсбери, американского бактериолога, внесшего важный вклад в классификацию Enterobacteriaceae, особенно в описании новых серотипов Klebsiella и Salmonella , [35–37] новых родов и новых видов [38–42]. ] E. asburiae sp. ноя был описан в 1986 году на основе кишечной группы 17. [43] Эта группа была определена в 1978 году как группа биохимически подобных штаммов, выделенных из различных образцов человека [44] и отправленных в CDC. До обозначения «кишечной группы 17» об этих штаммах сообщалось как о неидентифицированных или атипичных штаммах Citrobacter или Enterobacter [44]. После нескольких исследований было показано, что эти штаммы представляют собой единственный новый вид в роду Enterobacter , который получил название E. asburiae .

Штаммы E. asburiae были выделены из почвы и участвовали в мобилизации фосфата для питания растений из фосфата кальция, но большинство видов E. asburiae были изолированы от людей. Типовым штаммом вида E. asburiae является ATCC 35953, который был выделен из экссудатов лохий 22-летней женщины в США. [43] Единственным секвенированным штаммом E. asburiae является LF7a, который содержит кольцевую ДНК (4 812 833 п.н.) и две кольцевые плазмиды, pENTAS01 (166725 п.н.) и pENTAS02 (32 574 п.н.), которые были представлены Lucas et al. в 2011 г. — в Объединенный институт генома Министерства энергетики США (Калифорния, США; регистрационные номера GenBank CP003026.1, CP003027.1 и CP003028.1 соответственно).

E.ormaechei назван в честь Эстенио Хормече, уругвайского микробиолога, который (совместно с П. Р. Эдвардсом) предложил и определил род Enterobacter . [7] Название E. гормэчеи ранее называлось кишечной группой 75, которая содержала 11 штаммов, которые были отправлены в CDC. для идентификации в период с 1973 по 1984 год. С 1985 по 1987 год было получено двенадцать дополнительных штаммов, три из которых были изолятами крови. E.ormaechei впервые был описан на основе 23 изолятов, отправленных в CDC для идентификации. В то время они не могли быть отнесены к виду, поскольку они были отрицательными в тестах на D-сорбит и мелибиозу и не соответствовали биохимическому профилю ни одного установленного вида Enterobacter. Было высказано предположение, что виды E. гормэчей отрицательны по лактозе, D-сорбиту, рафинозе, мелибиозе и эскулин и на 87% дульцитол-положительны. Эти виды были первоначально определены O’Hara et al. когда была выделена большая группа гибридизующихся кишечных организмов, которые оказались связаны с инфекциями кровотока [10].

Типовой штамм E.ormaechei — ATCC 49162, был выделен из мокроты человека в Калифорнии в 1977 г. [10] Проект полногеномного секвенирования был представлен в 2011 году в Центр секвенирования генома человека (Техас, США; регистрационный номер GenBank AFHR00000000).

E. Hormaechei состоит из трех различных подвидов: E. гормейкеи подвид. oharae , E. normaechei subsp. гормоны гормонов и Е. гормейки подвид. steigerwaltii , что соответствует генетическим кластерам VI, VII и VIII соответственно [8]. Дифференциация этих подвидов основана на их конкретных свойствах и биохимических тестах. [11]

E.ormaechei обычно выделяют в качестве внутрибольничного патогена, имеющего клиническое значение; [45,46] о нем сообщалось в нескольких вспышках сепсиса в отделениях интенсивной терапии новорожденных в США [47] и в Бразилии, где вспышка возникла из зараженного парентерального питание. [48]

E. kobei назван в честь города Кобе (Япония), где был выделен типовой штамм этого вида. E. kobei впервые был описан Kosako et al. основан на коллекции из 23 штаммов с общими признаками E. cloacae и общим фенотипическим различием — отрицательным по Фогесу – Проскауэру [49]. Название E. kobei предлагается для группы организмов, обозначенной как группа 21 NIH в Национальном институте здравоохранения в Токио. Позже было обнаружено, что группа 21 NIH также напоминала кишечную группу 69 CDC [50], и E. kobei сравнивали с последней. На основе родства ДНК оба организма могут быть включены в один таксон. Тем не менее, кишечная группа 69 CDC была описана как положительная по Voges-Proskauer и желтая пигментация [50], тогда как все штаммы E. kobei были Voges-Proskauer- и пигментационно-отрицательными. Эти данные позволяют предположить, что отношения обоих организмов находятся на уровне подвидов или биогрупп. Типовой штамм E. kobei — NIH 1485–1479, был выделен путем посева крови пациента с диабетом.

E. ludwigii , названный в честь Вольфганга Людвига, микробиолога, занимающегося бактериальной систематикой [51], который разработал базы данных ARB, а также опубликовал их. [52] Это описание основано на филогенетическом анализе данных частичной последовательности hsp60, собранных в популяционно-генетическом исследовании [6], а также на анализах ДНК-ДНК-гибридизации и фенотипических характеристиках.

Типовой штамм EN-119T был выделен из средней части потока мочи 18-летнего пациента мужского пола с внутрибольничной инфекцией мочевыводящих путей, когда он был госпитализирован в Университетскую больницу Гроссхадерн в Мюнхене, Германия. Регистрационный номер в GenBank для рДНК 16S штамма EN-119T — AJ853891. [12]

E. nimipressuralis Вид E. nimipressuralis был первоначально определен Brenner et al. и ранее назывался Erwinia nimipressuralis , который был изолирован из доклинических источников (например, из вязов с болезнью, называемой влажной древесиной). [43] Erwinia nimipressuralis была внесена в утвержденные списки бактериальных названий в 1980 году. Этот микроорганизм биохимически похож на E. cloacae , но отличается производством кислоты от сахарозы и рафинозы, тогда как E. cloacae дает положительные результаты в этих тестах. Типовой штамм E. nimipressuralis — АТСС 9912, выделен из вяза Ulmus spp. в США (инвентарный номер GenBank AJ567900).

Штамм PR-4 E. cloacae subsp. Cloacae был выделен и идентифицирован по последовательности гена 16S рДНК с филогенетическим древовидным представлением из взрывоопасной почвы П. Равикумаром (номер доступа в GenBank KP261383).

E. cloacae SG208, идентифицированный как преобладающий микроорганизм в смешанной культуре, выделенной из нефтехимического осадка, IOCL, Гувахати отвечает за разложение бензола, как сообщили Padhi и Gokhale (2016) [137].

Ссылка на основную публикацию
Уровень ХГЧ при беременности по дням от зачатия
Как удваивается хгч по дням в крови Научно-диагностический центр лабораторных технологий Телефоны для справок: Личный кабинет клиента В корзине пусто!...
Упражнение планка — как делать правильно Что дает планка на локтях
Зачем делать планку каждый день? Что такое планка? Планка — это стандартное упражнение на мышцы живота и спины со своим...
Упражнения для глаз при близорукости лечебная гимнастика для восстановления зрения
Метод бейтса восстановления зрения Затем не торопясь переводим взгляд вправо и так 3 раза. Перед комплексом делаем пальминг, повторите упражнение...
Урография почек (рентген почек) сделать в Рязани платно Цены на экскреторную внутривенную урографию
Как делают рентген почек и мочевыделительной системы с контрастом и без него Почки — жизненно важные парные органы, которые выполняют...
Adblock detector